1、不能在前级泵工作时（前级管路接通）和真空室处于真空状态时将涡轮分子泵停掉，否则将会使油蒸气迅速从前级管路返流到泵的清洁端。

2、分子泵系统在停机充干燥气体前，一定要先将分子泵冷却水关闭，且要从泵的高真空端充气。决不能从泵的前级管路进行充气。

3、选择系统前级泵的大小时，应使涡轮分子泵的前级保持在分子流状态下。

4、不能让涡轮分子泵在低于额定工作转速下运行。

5、分子泵入口应装设防护网，以避免异物进入泵内损坏泵转子和定子叶片。

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